Gebze Teknik Üniversitesi, 1992'de kurulan Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü’nün temelleri ve tecrübe birikimleri üzerine ve 22 yıllık mirasına sahip çıkarak 4 Kasım 2014 tarihindeki Türkiye Büyük Millet Meclisi kararı ile kurulmuştur. Gebze Teknik Üniversitesi, altyapısıyla, donanımıyla ve akademik kadrosuyla ülkemizin en önemli bilim üssü olmaya aday, en genç ancak deneyimli üniversitesidir.
Gebze Teknik Üniversitesi, lisansüstü eğitime 1994-1995 eğitim-öğretim yılında Fen Bilimleri Ensitüsü bünyesindeki Elektronik Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Kimya, Biyoloji ve İşletme lisansüstü programlarında, 80 öğrenci ile başlamıştır. 1995-1996 eğitim-öğretim yılında Bilgisayar Mühendisliği, Fizik, Mimarlık, Şehir ve Bölge Planlama, 1996-1997 eğitim-öğretim yılında Jeodezi ve Fotogrametri Mühendisliği, Enerji Sistemleri, 1997-1998 eğitim-öğretim yılında Matematik ve 1999-2000 eğitim-öğretim yılında Deprem ve Yapı Bilgisi yüksek lisans programları açılmıştır. 2001-2002 eğitim-öğretim yılında Sosyal Bilimler Enstitüsü kurulmuş, ilerleyen yıllarda ise mevcut lisansüstü programlarının doktora programları ve sanayi ihtiyaçlarına yönelik disiplinlerarası tezli ve tezsiz yüksek lisans programları açılmıştır. 2014 yılında üniversite adını alması ile birlikte yedi yeni enstitü kurulmuş, bu enstitülerden Nanoteknoloji ve Biyoteknoloji ise lisansüstü eğitime başlamıştır.
Gebze Teknik Üniversitesi, lisans eğitimine 2001-2002 eğitim-öğretim yılında Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği ve Elektronik Mühendisliği bölümlerinde başlamıştır. 2002-2003 eğitim-öğretim yılında Mühendislik Fakültesi Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü ile Fen Fakültesi Matematik ve Fizik bölümlerinde, 2008-2009 eğitim-öğretim yılında İşletme Fakültesi İşletme bölümü ile Mimarlık Fakültesi Mimarlık bölümünde, 2010-2011 eğitim-öğretim yılında Fen Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde, 2016-2017 eğitim-öğretim yılında Çevre Mühendisliği bölümü, 2017-2018 eğitim-öğretim yılında ise İnşaat Mühendisliği, Kimya Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Biyomühendislik, Harita Mühendisliği, Şehir Bölge Planlama ve İktisat bölümlerinde lisans eğitimi verilmeye başlamıştır.
Gebze Teknik Üniversitesi, kurulduğu yıldan bu yana daha kaliteli eğitim-öğretim sunma ve araştırma yapma çabasını devam ettirmiş, 2017-2018 eğitim-öğretim yılı açılışında Cumhurbaşkanı’nın yaptığı açıklama ile Türkiye’nin 10 araştırma üniversitesinden biri olarak kabul edilerek yeni bir statüye kavuşmuştur.